На території НПП “Подільські Товтри” росте 2977 видів, форм і сортів рослин з різних кліматичних зон, зокрема 521 вид дерев і кущів, з деревно-чагарникової та трав’янистої флори — 395 видів плодових рослин, 620 видів тропічних, 111 видів корисних трав’янистих рослин місцевої дикоростучої флори.
Зелена Книга України. Видання 2009 року (8 Мб, PDF), Додаток до Зеленої Книги України з фотографіями (13 Мб, PDF)