Екомоніторинг проводиться на підставі Положення:
Витяг з “Положення про НПП “Подільські Товтри”
5.1. Науково-дослідна робота на території НПП “Подільські Товтри” проводиться з метою вивчення природних процесів, забезпечення постійного спостереження за їх змінами, екологічного прогнозування, розробки наукових основ охорони, відтворення і використання природних ресурсів та особливо цінних об’єктів на його території відповідно до чинних положень “Про організацію наукових досліджень у заповідниках і національних природних парках України” та “Про наукову діяльність заповідників і національних природних парків України”.
5.5. НПП “Подільські Товтри” відповідно до покладених завдань проводить наукові дослідження за напрямами:
- інвентаризація флори, фауни, а також усіх природних комплексів і окремих природних об’єктів на його території;
- виявлення природних комплексів, що найбільш характерні для НПП”Подільські Товтри”, визначення еталонних геосистем і відшукання їх аналогів на прилеглих територіях з метою організації сполучених досліджень;
- вивчення міжсистемних зв’язків, структури і закономірностей функціонування природних комплексів, діяльність окремих видів і груп організмів, впливу на них факторів навколишнього природного середовища;
- комплексні наукові дослідження з питань збереження унікальної та типової флори і фауни ландшафтів на території парку;
- ведення комплексного екологічного моніторингу;
- ведення гідрометеоспостережень;
- створення бази даних по комплексному моніторингу довкілля та ведення кадастру ПЗФ, які є основою ГІС НПП “Подільські Товтри”.
- науково-просвітницька діяльність в галузі біології, екології, охорони навколишнього природного середовища тощо.